《四月一日灵异事件簿第二季》围绕着拥有灵异能力的高中生四月一日君寻展开。他因能看见妖怪而饱受困扰，为摆脱这一能力，来到侑子小姐的次元商店。在这里，他以在店内打工为代价，换取解决灵异问题的方法。第二季中，四月一日继续在商店经历各种奇异事件。他遇到了更多性格各异的妖怪和拥有特殊能力的人，比如百目鬼静，两人成为好友，共同面对灵异难题。在一次事件里，他们遭遇了能操控梦境的妖怪，四月一日陷入危险梦境，百目鬼静全力相助。随着故事推进，四月一日对侑子小姐的身份和商店的秘密有了更深探寻，而他自身的能力也在不断变化，剧情在奇幻与温情交织中，展现出独特的魅力。