《童话镇第二季》延续了第一季的奇幻风格，故事围绕着童话人物在现实世界的生活展开。艾玛带着儿子亨利回到了童话镇，却发现这里的平静只是表象。瑞金娜依旧对艾玛心怀敌意，她试图用各种手段赶走艾玛。与此同时，新的反派潘神登场，他来自梦幻岛，拥有强大的魔法。潘神抓走了亨利，以此要挟艾玛等人前往梦幻岛。在梦幻岛上，众人遭遇了各种危险和挑战，白雪公主和王子努力寻找亨利，胡克船长也加入了他们的队伍。而瑞金娜在经历了一系列事件后，内心开始发生转变，她逐渐意识到自己过去的错误，决定帮助大家一起对抗潘神。最终，他们能否成功救出亨利，童话镇又将迎来怎样的结局，都充满了悬念。