就读于市立见泷原中学二年级的鹿目圆是个平凡的女孩，过着普通的校园生活。一天，她和好友晓美焰在上学路上救下了一只神秘的生物丘比。丘比告诉她们，自己能实现她们的任何愿望，作为交换，她们要成为魔法少女与魔女战斗。起初，圆对成为魔法少女一事有所犹豫。而晓美焰似乎知晓一些秘密，极力阻止圆签订契约。与此同时，另一位魔法少女巴麻美热情地邀请圆和同学沙耶香参观她的战斗。在一次与魔女的战斗中，麻美不幸牺牲，这让圆和沙耶香深受冲击。沙耶香为了帮助喜欢的上条恭介恢复手臂，毅然与丘比签订契约成为魔法少女。然而，战斗的残酷和内心的矛盾逐渐侵蚀着她，故事也由此走向更加复杂的方向。