《天堂旗帜下》围绕着犹他州一个虔诚摩门教家庭的年轻母亲和女儿惨遭谋杀的案件展开。侦探杰博·道尔负责调查此案，他自己也出身于摩门教家庭。随着调查深入，他发现案件背后隐藏着摩门教极端教义的影子。受害者的丈夫比尔是极端摩门教组织的一员，在极端教义蛊惑下，他认为妻子和女儿违背教义，从而酿成悲剧。杰博在调查过程中不断与自己的信仰和家庭过往做斗争，他既要揭开案件真相，又要面对家族与宗教给他带来的复杂情感和道德困境，在探寻真相的道路上，他逐渐看清极端教义对人性的扭曲和伤害。