《南京的基督》以日本作家芥川龙之介的同名小说为蓝本。故事围绕着日本青年田边展开，他是一名虔诚的基督教徒，被教会派往中国南京传教。田边满怀热忱，试图将基督教义传播给当地百姓。然而，在南京复杂的社会环境和文化背景下，他遭遇了重重困难。当地民众对他所宣扬的教义并不理解，甚至充满了怀疑和抵触。在这个过程中，田边结识了一些人，其中有对他表示友善的，也有对他心怀恶意的。随着时间推移，田边自身的信仰也在现实的冲击下逐渐产生动摇，他开始重新审视自己的使命和信仰，故事在这种信仰与现实的冲突中不断推进，展现出深刻的人性与社会思考。