《在世界中心呼唤你》以一段跨越时空的爱情故事展开。朔太郎与亚纪是一对青春年少的恋人，他们在懵懂的年纪里相互陪伴，度过了许多美好的时光。然而命运弄人，亚纪被查出患有重病。即便如此，两人依然坚定地守护着彼此的爱情。为了完成亚纪的心愿，朔太郎带着她踏上了前往北海道的旅程。在旅途中，他们经历了许多，感情也愈发深厚。但最终亚纪还是离开了人世。多年后，朔太郎回到两人曾有过美好回忆的地方，那些过往的点点滴滴不断浮现，他在回忆中重新感受到了与亚纪之间纯粹而深刻的爱，也明白了爱情的真谛与生命的意义。