《新忍者神龟》围绕着四只基因突变的乌龟展开，它们分别是领袖里奥纳多、暴躁冲动的拉斐尔、头脑灵活的米开朗基罗和温柔睿智的多纳泰罗。这四只神龟生活在纽约的下水道中，由老鼠师父斯普林特训练成武艺高强的忍者。在城市中，邪恶势力施莱德带领脚帮为非作歹，妄图控制整个纽约。忍者神龟们挺身而出，与施莱德及其手下展开了一系列激烈战斗。他们不仅要应对脚帮的威胁，还要面对各种神秘敌人和危险状况。在战斗过程中，神龟们结识了记者艾普尔·奥尼尔和她的摄像师朋友，共同守护城市的和平。他们凭借着团队的力量、各自的特长以及对正义的执着，一次次化险为夷，最终成功击败施莱德，让纽约恢复了往日的安宁。