在未来世界，人类与电子机械融合的技术高度发达，义体成为普遍存在。草薙素子是公安九课的队长，她拥有几乎完全义体化的身体，具备强大的战斗力和敏锐的洞察力。一次，网络中出现了神秘的黑客“傀儡师”，他能够操纵人类的思想和电子设备，引发了一系列重大案件。草薙素子带领公安九课展开调查，在追寻“傀儡师”的过程中，她不断深入这个充满谜团的网络世界。随着调查的推进，草薙素子开始对自身的存在产生怀疑，她思考着义体与灵魂、人类与机器的界限。最终，草薙素子与“傀儡师”正面交锋，在这场对决中，她不仅揭开了“傀儡师”的真实目的，也对自我有了全新的认知。