《亚托莉 - 我挚爱的时光 -》的故事围绕着少年海斗展开。海斗在失去活下去的动力后，来到了一座孤岛。在这里，他遇到了自动人偶亚托莉。亚托莉天真烂漫，对世界充满好奇，她的出现逐渐温暖了海斗封闭的内心。海斗开始带着亚托莉去了解这个世界，他们一起看海、一起经历各种趣事，感情也在相处中不断加深。然而，亚托莉有着自己的使命和期限，她的时间在一点点流逝。海斗在与亚托莉相处的过程中，重新找回了生活的意义和勇气，可最终还是要面对与亚托莉分别的时刻，这段真挚而又充满遗憾的时光令人动容。