肖恩收到来自神秘岛的求救信号，信号源竟是他失踪已久的祖父亚历山大。为了寻找祖父，肖恩与继父汉克踏上冒险之旅。他们按照线索来到太平洋某小岛，搭乘直升机却遭遇风暴坠毁，迫降到神秘岛。这座岛充满奇幻生物，有巨型蜥蜴、会飞的狐猴等。他们还发现这里是传说中的神秘岛，遵循着凡尔纳小说里的设定，时间和空间都异于外界。在寻找亚历山大的过程中，他们历经重重危险，比如要躲避巨型生物的攻击，还要跨越危险地形。最终，他们找到亚历山大，得知神秘岛即将毁灭。三人齐心协力，利用岛上的材料打造潜艇，在火山爆发前逃离神秘岛，成功回到现实世界。