《怪人2025》以近未来的日本为背景。在这个时代，社会被名为“新世界秩序”的组织掌控，他们以绝对的规则和秩序统治着一切。主角神乐坂零是一个拥有特殊能力的青年，他能看到常人看不到的灵异现象。神乐坂零因反抗“新世界秩序”而被追捕，在逃亡过程中，他结识了同样对现状不满的伙伴们。他们一边躲避追捕，一边探寻“怪人2025”的真相，据说这是一个能颠覆“新世界秩序”统治的神秘存在。在冒险中，他们遭遇了各种奇异的怪人，这些怪人有的拥有超能力，有的则是被改造的人类。神乐坂零和伙伴们凭借智慧和勇气一次次化险为夷，逐渐接近真相，也在这个过程中不断成长，为了自由和正义与邪恶势力展开了一场惊心动魄的较量。