《机动战士高达 复仇的镇魂曲》承接《机动战士高达逆袭的夏亚》剧情。故事中，地球联邦政府腐败不堪，新吉恩残党势力仍在暗中涌动。主角之一的哈萨维·诺亚，身为反抗军成员，决心对抗联邦的暴政。他与战友们驾驶着先进的机动战士，在宇宙与地球上展开激烈战斗。联邦为了维护统治，派出强大的军队进行镇压。在战斗过程中，哈萨维结识了神秘女子葵丝，两人之间产生了复杂的情感。然而，他们的行动引起了联邦高层的高度重视，一场关乎宇宙和平与自由的最终决战即将来临，各方势力在这场复仇的风暴中展开了惊心动魄的较量。