《戈雅之魂》以 18 世纪末的西班牙为背景，围绕画家戈雅及几个主要人物展开故事。美丽的少女伊内斯被主教洛伦佐看中，后者在权力的驱使下玷污了她。伊内斯的父亲为让女儿摆脱困境，将她许配给了别人。然而，洛伦佐并未罢手，他诬陷伊内斯是异教徒，使其被送进宗教裁判所。伊内斯在狱中生下了洛伦佐的孩子，孩子却被洛伦佐夺走。与此同时，战争爆发，拿破仑的军队入侵西班牙。戈雅在这动荡的时代中，见证着一切的不公与苦难。后来，伊内斯的丈夫从战场归来，他与戈雅一起试图拯救伊内斯，而伊内斯在历经折磨后，最终也迎来了命运的转折。影片通过这些人物的命运交织，展现了权力的腐败、宗教的黑暗以及战争的残酷。