《特种部队2：全面反击》中，特种部队在一次行动后遭遇重大危机。总统被眼镜蛇部队控制，特种部队被诬陷为国家叛徒，遭到政府通缉。公爵等部分成员牺牲，幸存的蛇眼、杰伊、路霸和弗林等人被迫逃亡。在躲避追杀过程中，他们逐渐发现眼镜蛇部队的阴谋。原来，眼镜蛇部队研发出一种能控制人脑的纳米虫武器，企图借此统治世界。特种部队与新盟友萤火虫合作，深入敌营。最终，他们成功摧毁纳米虫控制器，解救总统，洗清自身罪名，挫败了眼镜蛇部队的邪恶计划，再次捍卫了世界和平。