在《潜艇总动员2》中，小潜艇阿力和它的朋友贝贝开启了新冒险。海洋面临着巨大危机，神秘海怪频繁袭击过往船只，搞得海域人心惶惶。阿力和贝贝决定挺身而出，探寻海怪的真相。它们在途中结识了爱吹牛却心地善良的灯笼鱼、知识渊博的章鱼博士等伙伴。在寻找海怪的过程中，它们遭遇了各种艰难险阻，比如被巨型水母困住、陷入海底漩涡等。但阿力凭借着勇敢和智慧，一次次带领大家化险为夷。最终，它们发现所谓的海怪其实是一艘故障的潜水艇，在大家的共同努力下，成功修复潜水艇，解除了海洋危机，也让海洋恢复了往日的平静。