《生化危机3：灭绝》的故事承接前作，艾丽斯在经历一系列战斗后，拥有了超能力。此时，地球已沦为丧尸横行的废墟，幸存者们在荒芜的内华达沙漠艰难求生。艾丽斯来到这里，与克莱尔等幸存者会合。他们计划前往阿拉斯加，认为那里有未被病毒感染的净土。然而，保护伞公司并未放弃，派出由卡洛斯带领的敢死队追杀艾丽斯。在途中，艾丽斯等人遭遇了各种变异生物的袭击，沙漠中的丧尸群、巨型蝗虫等都给他们带来了巨大威胁。最终，艾丽斯与卡洛斯达成和解，共同对抗保护伞公司。他们摧毁了公司的部分设施，为人类的生存带来了一丝希望。