《忍者乱太郎》围绕着一群忍者学校的学生展开。主角乱太郎是个天真活泼又有些调皮的孩子，他和好友新兵卫、雾丸一同在忍者学校学习。学校里有严厉又善良的校长，还有性格各异的老师。在学习过程中，他们要面对各种忍者课程的挑战，比如隐身术、变身术等。有一次，学校组织野外生存训练，乱太郎他们在森林里遭遇了各种状况，既要躲避敌人的追捕，又要寻找生存物资。在这个过程中，他们不断成长，也闹出了不少笑话。同时，他们还会遇到一些邪恶势力的威胁，每次都凭借着智慧和勇气化险为夷。这部动画以轻松幽默的方式展现了忍者们的学习与生活，充满了欢乐与温情。