《内裤队长》围绕着两个古灵精怪的小学生乔治和哈罗德展开。这两人是绝佳拍档，热衷于搞怪和创作漫画。他们用催眠术让刻板严厉的校长克瑞普先生变成了内裤队长——一个穿着内裤、身披披风的超级英雄。内裤队长拥有超能力，专门打击邪恶、维护校园和平。然而，催眠效果有时不稳定，校长会在队长和自己原本身份间切换。在此过程中，他们遭遇了各种奇葩反派，像邪恶的机器人、疯狂的科学家等。乔治和哈罗德一边帮内裤队长对抗反派，一边防止校长身份暴露，一系列令人捧腹大笑又惊险刺激的故事不断上演。