《变种DNA 2》承接前作，故事发生在纽约市。昆虫学家苏珊曾制造出蟑螂变种生物以消灭肆虐的蟑螂，然而这些变种生物却存活下来并不断进化。此次，一群青少年闯入废弃隧道，意外唤醒了变种生物，导致其中一人被杀害。昆虫学家瑞利和他的团队受雇调查此事。他们深入隧道，遭遇了各种危险。变种生物不仅行动敏捷，还具备一定智慧，不断设下陷阱袭击他们。在探索过程中，瑞利发现变种生物已经发展出了自己的社会结构。随着调查深入，危险不断升级，团队成员接连遇害。最终，瑞利凭借智慧和勇气，找到了消灭变种生物的方法，拯救了纽约市。