《不良教育》以西班牙佛朗哥独裁时期为背景展开。主人公恩里克曾是教会学校的学生，他如今以演员的身份出现在电视节目中。记者帕布罗认出了他，因为他们曾是校友。帕布罗希望恩里克能和他一起调查当年学校里发生的教师性侵学生事件。随着调查深入，恩里克尘封的记忆被打开，他回忆起在学校遭受的种种痛苦与折磨。原来，当年学校里的神父对学生们进行了不轨行为，给恩里克等人留下了难以磨灭的创伤。而在调查过程中，恩里克和帕布罗之间也产生了复杂的情感和纠葛，故事充满了悬疑与情感的交织，展现了人性的复杂和历史伤痛的影响。