《木星之卫》设定在不远的未来，地球面临着严重的生态危机。主角康纳是一名宇航员，他曾参与过木星卫星的探索任务。在地球上，人们生活在被污染和灾难笼罩的环境中，而木星的卫星被视为人类未来的希望之地。康纳退役后回到地球，却发现自己的女儿艾玛身患重病，唯一的治疗方法是前往木星卫星上的医疗中心。为了拯救女儿，康纳不得不再次踏上危险的太空之旅。在途中，他遭遇了各种宇宙危险和神秘现象，同时也揭开了关于木星卫星的惊人秘密。最终，康纳能否克服重重困难，成功带着女儿所需的治疗资源返回地球，成为影片的一大看点。