《黑衣人3》故事中，邪恶外星人鲍里斯从月球监狱逃脱，他穿越回1969年，目的是杀死年轻的K探员，以此改变历史。这一行为导致现在的世界陷入危机，J探员为了拯救世界，也穿越回1969年。在过去，J结识了年轻的K，发现他与现在严肃的形象大不相同，年轻的K热情、有正义感。J和年轻K一起对抗鲍里斯，在这个过程中，J逐渐了解到K过去的秘密，也明白了K为何会变成后来那个沉默寡言的样子。最终，他们成功阻止鲍里斯，拯救了世界，历史也恢复正常，而J对K也有了更深的理解和敬意。