《端脑》讲述了少年夏驰因女友晴知离奇失踪，在寻找过程中接触到名为“端脑”的虚拟游戏组织。进入游戏世界后，夏驰见识到各种残酷且充满逻辑谜题的关卡。在“新手关”，他与孟秦组队，要在有限时间内推理出谁是隐藏的“背叛者”，凭借智慧和冷静，他们成功通关。之后，夏驰不断深入游戏，结识了春絮香等伙伴。在“阿加莎晚宴”关卡，他们需在复杂的人物关系和线索中找出凶手。随着游戏推进，夏驰逐渐揭开“端脑”背后的秘密，原来这一切与人类的未来息息相关，而晴知的失踪也和“端脑”有着千丝万缕的联系。他在现实与虚拟世界中来回穿梭，一边要应对游戏中的生死挑战，一边要在现实里寻找真相，拯救晴知并阻止“端脑”的阴谋。