《神薙》围绕少年薙切神乐展开。薙切神乐是个普通高中生，某天他意外唤醒了被封印的神明薙。薙以少女形象现身，天真烂漫却又有着神明的傲娇。神乐原本平静的生活被彻底打乱，薙住进他家，不仅要求供奉，还对神乐的生活习惯诸多干涉。神乐起初对薙的存在感到厌烦，但在相处中逐渐接纳了她。与此同时，学校里转来了神秘少女御厨仁，她似乎知晓薙的秘密，还带来了一系列麻烦。神乐和薙在应对各种事件的过程中，感情不断加深，他们一起面对困难，也在欢笑与泪水中共同成长，演绎出一段温馨又搞笑的奇幻故事。