《20世纪少女》以1999年为背景展开故事。少女玉琳是个活泼开朗的女孩，她暗恋着转校生俊浩。为了接近俊浩，玉琳想尽办法。她和好友们一起策划各种活动，在这个过程中闹出不少笑话。玉琳的闺蜜宝拉性格直爽，全力支持玉琳追求爱情。然而，宝拉自己也陷入了一段复杂的感情中。随着时间推移，玉琳和俊浩逐渐熟悉，感情也慢慢升温。但就在他们关系更进一步时，意外发生了。玉琳发现俊浩似乎有着不为人知的秘密，这让她陷入了困惑和痛苦。最终，在世纪之交的氛围中，玉琳勇敢地面对一切，也明白了爱情和友情的真谛。