《在盛夏等待》围绕着少年雾岛海人和他身边的人展开。海人原本过着普通的高中生活，直到神秘少女贵月一花突然出现在他面前，并声称自己来自未来，需要海人的帮助来完成某个任务。一花的出现打破了海人平静的日常，也让他结识了性格各异的伙伴，如青梅竹马的橘友绘、充满元气的真中由宇等。在与一花相处的过程中，海人逐渐卷入了一系列奇妙的事件，他们一起探索关于时间旅行的秘密，期间发生了许多令人啼笑皆非又温馨感人的故事。随着剧情推进，他们发现时间旅行背后隐藏着复杂的真相和巨大的危机，而海人等人也在这个夏天经历了成长与蜕变，收获了珍贵的友情与爱情。