《雨色可可第一季》围绕着一家名为“可可亚”的咖啡店展开。店里有四位性格各异的店员，分别是开朗热情的桐生慧、温柔体贴的九条天、傲娇毒舌的岛村光以及神秘内敛的东云皐月。他们不仅要为顾客提供美味的咖啡和甜点，还要应对各种突发状况。在经营咖啡店的过程中，他们结识了许多有趣的客人，也经历了一系列温馨又搞笑的故事。同时，店里还隐藏着一个秘密，与他们每个人的身世和过去有着千丝万缕的联系。随着故事的推进，他们逐渐揭开这个秘密的面纱，彼此之间的羁绊也越来越深。