《越狱第三季》紧接前作剧情，迈克尔为救被绑架的莎拉，主动进入巴拿马的索纳监狱。林肯为了协助迈克尔，与费尔南多·苏克雷等人一同前往巴拿马。在索纳监狱，迈克尔遭遇了新的挑战，这里的犯人各怀鬼胎，监狱环境恶劣且管理混乱。他结识了黑帮老大卡托，还与狱中的医生惠斯勒产生交集。原来惠斯勒掌握着重要机密，这也成为了越狱计划的关键。随着剧情推进，迈克尔等人制定越狱计划，过程中不断应对各种突发状况，如内部人员的背叛、外部势力的干扰等。最终，他们能否成功越狱，救出莎拉并摆脱困境，成为本季的一大看点。