《越狱第二季》紧接第一季剧情，迈克尔、林肯等越狱犯成为警方全力追捕的对象。FBI探员马宏受总统之命，凭借高超的侦查能力和果断的行事风格，对越狱者展开疯狂围堵。迈克尔等人在逃亡过程中，面临着来自警方、黑帮等多方的威胁。林肯被诬陷为谋杀副总统弟弟的凶手，这让他的处境更加艰难。而迈克尔不仅要保护哥哥，还要应对各种突发状况。他们在逃亡途中不断变换地点，利用智慧一次次摆脱追捕。同时，他们也在努力寻找洗清林肯罪名的证据。在这个过程中，越狱者们之间的关系也发生着变化，有人为了自保背叛同伴，也有人坚守着兄弟情义。最终，他们能否成功摆脱追捕并洗清罪名，成为本季的一大看点。