《元气少女缘结神第二季》延续第一季剧情，女主角桃园奈奈生成为土地神后，生活依旧充满奇幻与挑战。她和神使巴卫的关系在相处中逐渐升温，却也面临诸多考验。比如巴卫过去的恋人瑞希出现，让奈奈生陷入不安与自我怀疑。 在这一季里，奈奈生不断成长，努力履行土地神职责。她和巴卫一起解决各种妖怪引发的事件，像帮助被封印的妖怪解除诅咒，化解妖怪间的纷争。同时，新角色陆续登场，如性格傲娇的狐妖御影，他的出现为故事增添新的波澜。奈奈生在应对各种状况时，展现出勇敢善良的品质，最终她和巴卫的感情更加坚定，也在神的道路上越走越稳。