《有你的小镇》围绕少年竹本祐太展开。祐太原本生活在东京，因母亲再婚，他转学到了濑户内海的小镇。在这里，他结识了性格开朗的少女鲇泽美咲。美咲对祐太关怀备至，两人逐渐产生了懵懂的感情。然而，小镇的生活并非一帆风顺，祐太要适应新环境，还要面对与美咲之间感情的波折。同时，他也结识了其他性格各异的朋友，大家一起经历了许多有趣又难忘的事情。在这个过程中，祐太不断成长，也更加明确了自己内心的情感。故事展现了青春时期的纯真爱情、珍贵友情，以及少年在小镇的温暖蜕变。