《新九品芝麻官2006》以古代官场为背景，主角是九品小官陆小凤。陆小凤为人正直善良、聪明机智，虽官职卑微，却一心为民请命。在任职期间，他遭遇了诸多棘手案件。当地恶霸勾结官府，欺压百姓，强占民田，搞得民不聊生。陆小凤决心彻查此事，却遭到了恶霸和腐败官员的重重阻挠。他凭借着自己的智慧和勇气，巧妙地收集证据，与恶势力展开了一场惊心动魄的斗争。在这个过程中，他结识了一群志同道合的朋友，他们一起并肩作战，共同对抗邪恶。最终，陆小凤成功将恶霸绳之以法，为百姓讨回了公道，也赢得了百姓的爱戴和尊敬。同时，他的正义之举也得到了上级的认可，有望得到晋升。