《小鱼儿与花无缺》围绕小鱼儿和花无缺两位主人公展开。小鱼儿由江枫和花月奴所生，从小在恶人谷长大，古灵精怪、鬼点子极多。花无缺则是江枫和移花宫邀月宫主侍女所生，在移花宫长大，气质高贵、武功高强。邀月因爱生恨，为报复江枫，让花无缺和小鱼儿互相残杀。 小鱼儿闯荡江湖，结识了铁心兰、苏樱等红颜知己，也遭遇了各种奇人异事和阴谋诡计。花无缺奉邀月之命下山，与小鱼儿多次交手。在这个过程中，小鱼儿和花无缺逐渐产生了兄弟情义。然而，邀月不肯罢休，继续设计陷害他们。 剧中还有恶通天、江玉郎等反派人物不断搞破坏。最终，在与大反派江玉燕的对决中，花无缺为救小鱼儿，与江玉燕同归于尽，小鱼儿则带着对兄弟的思念和对未来的期许继续生活。