《无限系统树》的故事围绕着主角樱井春树展开。春树是个在现实世界中孤独的青年，他选择投身到名为《无限系统树》的虚拟世界里。在游戏中，春树给自己设定了一个骷髅形象的角色，凭借着独特的天赋和努力，他不断探索游戏世界。他结识了一群志同道合的伙伴，大家一起组队冒险，共同面对各种强大的怪物和艰难的副本。在这个过程中，春树逐渐发现游戏背后隐藏着不为人知的秘密，而这些秘密似乎与现实世界有着千丝万缕的联系。随着剧情推进，他们不仅要在游戏里应对各种危机，还要解开背后的谜团，一场跨越虚拟与现实的冒险就此展开。