《无间行者》背景设定在波士顿，警方和黑帮都安插了卧底在对方阵营。警方这边，科林·沙利文从警校毕业后进入警局，实则是黑帮头目弗兰克·卡斯特罗安插的卧底，凭借自身手段在警局步步高升。而比利·柯里根则是被警方选中，潜入弗兰克黑帮组织的卧底。随着时间推移，双方都察觉到内部有卧底存在。科林在警局拼命寻找比利的身份，比利则在黑帮小心翼翼隐藏自己。在一系列调查与反调查中，双方冲突不断升级。最终，真相逐渐浮出水面，科林和比利的身份都面临暴露的危险，一场惊心动魄的正邪对决也迎来了残酷的结局。