《未来都市NO.6》故事发生在未来世界，人类因战争和灾害失去了大部分土地，仅存的人类建立了名为NO.6的都市。主人公紫苑在12岁生日时，救助了闯入NO.6的少年老鼠，却因此被剥夺了贵族身份，生活陷入困境。几年后，紫苑再次与老鼠相遇，此时老鼠已成为反抗NO.6统治的一员。他们一同踏上冒险之旅，在这个过程中逐渐揭开NO.6背后隐藏的黑暗秘密，包括政府对民众的思想控制、残酷的实验等。紫苑和老鼠在不断的逃亡与战斗中，加深了彼此的信任和羁绊，共同为打破NO.6的枷锁、追求真正的自由而努力。