《数码宝贝3：驯兽师之王》的故事围绕着中川大辅、牧野留姬、松田启人等驯兽师展开。启人偶然得到数码宝贝蛋并孵化出基尔兽，从此开启了数码世界与现实世界交织的冒险。他们在数码世界遭遇各种危机与挑战，结识了不同性格和能力的数码宝贝。大辅勇敢热血，一心想要成为强大的驯兽师；留姬起初内敛，后来逐渐成长。随着剧情推进，他们发现数码世界与现实世界的联系越发紧密，邪恶势力也在暗中谋划。驯兽师们不断突破自我，让数码宝贝进化，共同对抗邪恶，守护两个世界的和平。在这个过程中，他们收获了珍贵的友情与成长。