《兽娘动物园第二季》的故事承接前作，在经历了诸多事件后，薮猫和她的伙伴们生活的世界发生了新变化。神秘的“人类回归计划”启动，兽娘们的生活被彻底打乱。薮猫与新朋友耳廓狐相遇，她们踏上了寻找真相的冒险之旅。一路上，她们遭遇了各种危险和挑战，也结识了更多性格各异的兽娘。在探索过程中，她们逐渐发现人类消失背后隐藏着巨大阴谋。随着剧情推进，兽娘们团结一心，凭借各自的能力和智慧，一次次化解危机，努力揭开谜团，试图让世界恢复往日的和谐，为兽娘们和人类创造一个美好的未来。