《十三密杀令》围绕着明朝正德年间的一段惊心动魄故事展开。正德皇帝昏庸无道，大权旁落于大太监刘瑾之手。刘瑾权势滔天，为排除异己，设立了十三密杀令，每一道密杀令对应一种独特且残忍的杀人方法。刑部尚书马清风为人正直，他不愿与刘瑾同流合污，因此成为了刘瑾的眼中钉。刘瑾派出杀手对马清风及其家人展开追杀。马清风在逃亡过程中，结识了一些江湖义士，他们一同对抗刘瑾的势力。在这场正邪对抗中，马清风不仅要躲避杀手的追杀，还要设法揭露刘瑾的阴谋。剧中各种精彩的武打场面和紧张刺激的情节不断上演，正邪之间的较量扣人心弦，展现了正义与邪恶的激烈碰撞。