《石纪元第一季》以一场神秘的石化灾难为开端，全人类瞬间化为石像。几千年后，天才少年千空从石化中苏醒，发现世界已回归原始。他遇到同样解除石化的好友大树，二人决定用科学的力量重建文明。千空凭借丰富的科学知识，从制造硝酸、玻璃开始，逐步解锁各种科技。他们还遇到了千金大小姐琉璃，她拥有出色的吹玻璃技艺，为科学发展助力。在探索过程中，他们与崇尚武力的司阵营产生冲突。司企图用武力统治世界，千空则坚持用科学让人类走向未来，双方展开了一场智慧与武力的较量。