《十二猴子第三季》延续前作剧情，科尔穿越到 2044 年，发现病毒爆发后的世界满目疮痍。他与凯西继续合作，试图阻止“十二猴子军团”引发的全球性灾难。这一季中，新角色出现，如神秘的詹妮弗，她有着自己的目的和秘密，给科尔等人的行动带来变数。同时，时间旅行的规则更加复杂，他们在不同时间线穿梭，每一次改变都可能引发意想不到的后果。团队内部也产生分歧，有人为了拯救世界主张激进手段，有人则担心引发更大危机。在不断的探索与斗争中，科尔和伙伴们逐渐揭开十二猴子军团背后更深的阴谋，他们能否成功改写历史，拯救人类于水火之中，成为本季的最大悬念。