《神秘人质》围绕着中共地下党与国民党特务之间的激烈斗争展开。男主角燕文川本是留洋医学博士，却被国民党误抓当作共产党重要人物扣押为人质。为了保护真正的地下党接头人，燕文川不得不将计就计，周旋于敌人之间。他凭借着过人的智慧和冷静的头脑，一次次化解危机。国民党方面，以娄海平为首的特务机关对燕文川百般试探，试图找出破绽。在这个过程中，燕文川结识了女特工窦婉茹，两人从最初的相互猜疑到后来逐渐产生信任。随着剧情发展，各方势力的矛盾冲突不断升级，燕文川在危险的处境中坚守使命，最终成功完成任务，保护了重要情报和同志的安全。