《神的记事本》围绕高中生藤岛鸣海展开。他在暑假偶然进入地下黑客组织“NEET侦探事务所”，结识了尼特族侦探爱丽丝。爱丽丝是个足不出户的家里蹲少女，却拥有超乎常人的推理能力。鸣海开始协助爱丽丝解决各种疑难案件。他们遇到了形形色色的事件，比如神秘的连续盗窃案、离奇的失踪谜团等。在破案过程中，鸣海逐渐了解到爱丽丝不为人知的过去，她曾是被组织利用的实验品。随着相处，鸣海和爱丽丝建立了深厚的信任，两人携手在复杂的都市中探寻真相，解开一个又一个谜题，同时也在彼此的陪伴下不断成长。