《神盾局特工第三季》延续前作剧情，神盾局在经历重重危机后继续执行保护世界的任务。寇森带领团队面对新的强大敌人——九头蛇余党以及神秘的异人族。黛西在能力不断提升的同时，也面临着身份认同的困扰，她努力控制自己的超能力，在拯救世界与保护自我之间寻找平衡。团队成员梅、菲兹、西蒙斯等也各自发挥重要作用。西蒙斯从异星归来后，与菲兹的感情更加深厚，同时她的科研能力为团队解决诸多难题。在这一季中，神盾局还卷入了异人族的纷争，他们要阻止邪恶势力利用异人族的力量为非作歹。剧情跌宕起伏，充满了动作场面与情感纠葛，展现了神盾局特工们的英勇与智慧。