《神盾局特工第一季》围绕神盾局特工菲尔·科尔森展开。在纽约大战后，科尔森带领梅、菲兹、西蒙斯、沃德、斯凯等特工执行各种任务。斯凯是一名黑客，被神盾局招募后渴望探寻自己身世。他们遭遇了各种超能力者和神秘组织。比如，他们遇到了能控制元素的伊恩·奎恩，此人妄图利用超能力为自己谋利。在调查过程中，神盾局内部也危机四伏，九头蛇早已渗透其中。科尔森团队在一次次任务中逐渐揭开九头蛇的阴谋，同时也不断挖掘出超能力背后的秘密。他们在面对危险时相互协作，共同成长，在这个充满未知的世界里努力守护和平与正义，剧情充满惊险刺激的打斗场面和烧脑的悬疑情节。