《神盾局特工第二季》承接上一季剧情，菲尔·科尔森带领神盾局团队在绝境中重建。在这一季，他们面临着新的强大敌人——九头蛇余党以及神秘的异人族。梅探员在经历一系列事件后，性格逐渐转变，变得更加果断和坚强。而斯凯发现自己拥有异人族的能力，开始探索自己的身世和能力的秘密。团队还遇到了新成员，如具有超强格斗能力的鲍勃·冈萨雷斯。在一次行动中，神盾局发现了一个能引发异人族能力觉醒的神秘物质，这一发现引发了各方势力的争夺。随着剧情推进，神盾局与九头蛇展开了多次激烈交锋，同时还要应对异人族带来的未知威胁，他们在危机四伏的世界中努力守护和平与正义。