《少年阴阳师》围绕安倍昌浩展开，他是安倍晴明之孙，拥有强大的阴阳师血脉，却因小时候灵力难以控制，被家人视为累赘。昌浩的哥哥安倍升是备受瞩目的优秀阴阳师，这让昌浩内心既羡慕又自卑。然而，在一次除妖事件中，昌浩意外展现出非凡的潜力，得到了祖母的认可和培养。此后，他进入阴阳寮学习，结识了包括十二神将之一的玄武化身红莲在内的伙伴。在阴阳寮，昌浩不断面临各种妖怪带来的挑战，有强大的怨灵、神秘的式神，每一次战斗都让他的能力得到锻炼。同时，他与红莲从最初的互相看不顺眼，到后来成为生死与共的挚友。随着剧情推进，昌浩逐渐揭开隐藏在阴阳界背后的巨大阴谋，在成长为优秀阴阳师的道路上不断前行。