《少年骇客：全面进化第二季》延续了第一季的精彩，主角少年本依旧带着神秘的Omnitrix手表开启新的冒险。本和他的伙伴格文、凯文继续在宇宙中维护和平。在这一季里，他们遭遇了更多强大且邪恶的敌人。外星罪犯“进化人”妄图利用Omnitrix的力量统治宇宙，本必须不断变身成各种外星英雄与之对抗。 本变身成快闪之星时，在城市街道上与敌人展开速度对决；变成四手霸王，凭借强大的力量在宇宙飞船上与敌人近身搏斗。同时，本和伙伴们的关系也在不断变化。凯文内心的黑暗面偶尔会作祟，但在关键时刻他总能和本并肩作战。他们还结识了新的盟友，一起应对各种危机，共同守护地球和宇宙的安宁。