《山田君与7个魔女》围绕着私立朱雀学院展开。不良学生山田龙，在楼梯上与好学生白石丽意外接吻后，两人灵魂互换。此后他们发现，只要在特定楼梯上接吻，就能和对方交换灵魂。随着调查深入，他们得知学校里存在7个魔女，每个魔女都拥有不同超能力，比如透视、记忆读取等。山田和白石开始寻找其他魔女，过程中结识了许多伙伴，也遭遇了各种麻烦。学生会会长世古口喜欢白石，在得知灵魂互换一事时，对山田产生敌意。而山田在与白石的相处中，逐渐喜欢上了她。他们一边应对来自各方的挑战，一边解开魔女的秘密，在这个过程中不断成长，收获了友情与爱情。