《棋魂 动画版》围绕少年进藤光展开。进藤光偶然间在爷爷家的旧仓库里发现了一个古老的棋盘，棋盘内封印着平安时代的棋士藤原佐为的灵魂。佐为对围棋有着极高的热情和精湛的技艺，一心想在围棋上达到“神之一手”。他附身进藤光，借助光的身体重新接触围棋。 起初，进藤光对围棋毫无兴趣，只是被佐为驱使着下棋。但在与佐为的相处和不断对弈中，他逐渐爱上了围棋。进藤光凭借佐为的指导，在围棋界崭露头角，结识了许多志同道合的朋友，如塔矢亮。塔矢亮是天才棋手，起初视进藤光为劲敌，两人在赛场上不断较量，共同成长。 随着故事发展，进藤光开始独立面对围棋，寻找属于自己的道路。而佐为在心愿达成后消失，进藤光一度陷入迷茫，但最终他带着对佐为的思念和对围棋的热爱，继续在围棋之路上坚定前行。